15 мая 1994 года 15 компаний - ведущих участников рынка ценных бумаг учредили в Москве Профессиональную ассоциацию участников фондового рынка (ПАУФОР), в рамках которой обязались придерживаться взаимных договоренностей, правил информационной открытости и единого документооборота.
В сентябре 1994 года был принят первый вариант правил ПАУФОР и начато создание системы внебиржевой торговли между ее членами. В конце 1994 года такая система была запущена, но в связи с требованияем закона о рынке ценных бумаг, не позволяющим совмещать самрегулирование и торги, летом 1995 года торги ценными бумагами были переведены в созданную Российскую торговую систему (РТС).
30 ноября 1995 года состоялся учредительный съезд ассоциации, на котором компаниями - профессиональными участниками рынка ценных бумаг из различных регионов России, в том числе, членами ПАУФОР, было объявлено о создании общероссийской саморегулируемой организации - Национальной ассоциации участников фондового рынка (НАУФОР). Официальная регистрация НАУФОР состоялась 21 июня 1996 года.29 августа 1997 г. НАУФОР получила разрешение ФКЦБ на осуществление деятельности в качестве саморегулируемой организации компаний, имеющих лицензии профессионального участника рынка ценных бумаг (брокеры, дилеры, доверительные управляющие, депозитарии, клиринговые организации и организаторы торгов). В 2003 году ассоциация дважды столкнулась с отказом регулятора выдать регулярное разрешение на деятельность в качестве СРО профучастников, однако деятельности своей не прекращала, и уже в 2004 году такое разрешение снова было получено, уже от ФСФР России.
Руководители НАУФОР:
1996-1997 - Лазарко Иван Дмитриевич, президент
1997-1998 - Пономарев Дмитрий Валерьевич, президент
1998-2001 - Тырышкин Иван Александрович, председатель Правления
2001-2002 - Машкова Елена Анатольевна, и.о. председателя Правления
2002-2004 - Саватюгиин Алексей Львович, председатель Правления
2004-2005 - Авакян Елена Георгиевна, председатель Правления
2005 - н.вр. - Тимофеев Алексей Викторович, президент
В 2013 года НАУФОР получила разрешение ФСФР России на работу в качестве СРО управляющих компаний.
В 2017 году НАУФОР начала объединение с СРО управляющих компаний - Национальной лигой управляющих, в марте 2018 года процедура присоединения завершена.
НАУФОР включена в Единый реестр Банка России как СРО в отношении следующих видов деятельности: